É muito exígua a documentação sobre a história da Irmandade, nem tão pouco existem dados que apontem a data da sua criação. Sabe-se, contudo, que em 1597 existiam as Irmandades do Santíssimo Sacramento, de Nossa Senhora do Rosário e de S. Sebastião, o que atesta que Vila Cova do Alva, á época, teria uma boa densidade populacional e uma religiosidade muito marcante.
Em 1614 foi criada a Irmandade dos Santos Mártires Abdon e Sénen “cujas relíquias, por testamento do Dr. Francisco de Campos, em 1608, contidas em cofre de veludo carmesim de ferrugem dourada, foram doadas a Vila Cova e entregues a João Nunes, morador nesta Vila, como procurador da Câmara”, (conforme Dra. Maria Teresa Pinto Mendes). Entretanto, em 1723 há notícia de uma outra Irmandade: a das Almas.
Sobre a Santa Casa da Misericórdia não há qualquer informação sobre a data da sua fundação.
O que se sabe é que em 1755 terá acontecido a fusão da referida Irmandade das Almas com a Irmandade da Santa Casa.
Uma coleção de Livros de Atas e de Contabilidade poderá ser fonte histórica de informação quantitativa e qualitativa sobre a História da Irmandade da Santa Casa da Misericórdia. Por outro lado, existem Estatutos de períodos anteriores ao atual que são fontes documentais para a perceção do carácter organizativo, social e religioso da Irmandade. Por exemplo, os Estatutos de 1888 referem que as “receitas eram aplicadas em médico para socorrer os pobres da freguesia, para comprar medicamentos, para vestir alguns pobres pela Semana Santa, para ajudar a construir a casa da escola e fornecer livros e material escolar a alunos também pobres”, (Dra. Maria Teresa Pinto Mendes).
Após um período de algum apagamento, em que a Irmandade apenas se manifestava em atos religiosos, com o advento do 25 de Abril e a implantação de uma politica social para o País, coube à Irmandade a tarefa de se constituir como Instituição Particular de Solidariedade Social e prestar apoio social a crianças, idosos e carenciados da Freguesia.
Atualmente a Santa Casa da Misericórdia tem as valências de Centro de Dia e de Apoio Domiciliário, apostando ainda na marca “Produtos da Santa”, ou seja, em produtos endógenos, como a confeção de compotas e doces tradicionais, a broa de milho, o pão de centeio e de triga milho, os farta rapazes, as bôlas de carne e de peixe, entre outras iguarias da nossa aldeia.
Organiza ainda eventos culturais e protagoniza a publicação de livros e textos em cadernos sobre temas, entre outros, que dizem respeito à história social de Vila Cova de Alva.